Ферапонтов монастырь в Вологде был основан в 1398 году монахом московского Симонова монастыря Ферапонтом.
Преподобный Ферапонт, в миру Федор, родился в Волоколамске в семье дворян Поскочиных. С юного возраста мечтая о монашеской жизни, он тайно ушел из дома и принял постриг в Симоновом монастыре.
Настоятель часто давал ему разные поручения. Однажды он послал Ферапонта в дальнюю белозерскую сторону. Суровый и задумчивый русский Север пленил молодого монаха. Жажда пустынного уединения в тишине северных лесов охватила его. Вернувшись в Симонов монастырь, он поделился своими мыслями с преподобным Кириллом, будущим Кириллом Белозерским. «Есть ли на Белом озере место, где бы можно безмолвствовать иноку?» — спросил Кирилл. «Там их много», — отвечал Ферапонт. Жребий был брошен: Кирилл и Ферапонт решились уйти в пустынную сторону.
Избрав место на берегу озера Сиверского, Кирилл и Ферапонт водрузили здесь крест и выкопали себе землянки. Прожив некоторое время вместе с Кириллом, Ферапонт отправился на поиски уединения и поселился на берегу Бородавского озера, в месте «пространном и гладком». Вскоре сюда стали приходить другие монахи, желавшие разделить его пустынножительство. В 1409 году Ферапонт построил деревянный храм во имя Рождества Богоматери. Так возник Ферапонтов монастырь.
Земли Белозерья входили в удел князя Андрея Дмитриевича Можайского. Услышав о новой обители, он прислал сюда в дар утварь для храма и пожаловал монастырю земли. Вскоре княжеский наместник, приехав с Белоозера в Можайск, рассказал князю о подвигах преподобного Ферапонта. Давно желая построить близ Можайска монастырь, князь Андрей пригласил Ферапонта к себе. Оставив обитель, Ферапонт уехал в Можайск, где основал Лужецкий монастырь, там он и умер в 90-летнем возрасте 27 мая 1426 года.
Преемником преподобного Ферапонта стал игумен Мартиниан, видный церковный деятель XV века. Преподобный Мартиниан Белозерский, в миру Михаил Стомонахов, родился около 1400 года в вологодской деревне Сяма. В юном возрасте он был пострижен в монахи Кириллом Белозерским. Был учеником Ферапонта. Около 1427 года преподобный Мартиниан основал на озере Воже Вожеезерский Спасский монастырь, но вскоре стал игуменом Ферапонтова монастыря. В 1447 году он оказал поддержку сосланному в Вологду Василию Темному, который впоследствии пригласил Мартиниана управлять Троице-Сергие-вым монастырем. В 1455 году преподобный оставил Троицу и переселился в любимый им Ферапонтов монастырь, где провел остаток жизни.