Волга подступает к самым стенам монастыря, и обитель как будто встает из воды, подобно граду Китежу. Макарьев монастырь красив в любую пору, но особенно он хорош в лучах закатного солнца, когда темно-серые на фоне розового неба стены и башни его отражаются в серебристых водах реки.
Желтоводский монастырь был основан в 1435 году преподобным Макарием, уроженцем Нижнего Новгорода, иноком Печерского Нижегородского монастыря, удалившемся в здешние края, в урочище, известное тогда под именем Желтые воды, или Желтые пески. Желтое озеро — старица Волги — существовало еще в начале XIX века, но вскоре было поглощено волжскими водами.
Преподобный Макарий Желтоводсткий построил здесь, на пойменном лугу, кельи и деревянную церковь во имя Св. Троицы. Но в 1439 году монастырь был до основания разорен татарами Улу-Махмета, а преподобный Макарий пленен. Татары отпустили его, взяв с него обещание не возрождать православной обители. Макарий ушел из этих мест в унженские леса, где основал Макарьев Унженский монастырь. А Желтоводский монастырь с той поры пришел в запустение.
Обитель была восстановлена только спустя 190 лет. Как полагают, возродил ее монах Тетюшского монастыря Авраамий, уроженец Мурома, в 1620 году. В 1624 году была срублена деревянная Троицкая церковь, через два года построена Успенская церковь. А в середине 17-го столетия за очень короткий срок, с 1651 по 1667 год, здесь был создан на редкость целостный и живописный монастырский ансамбль.
В 1651 году была построена Успенская церковь с трапезной, в 1658 году — пятиглавый Троицкий собор, в 1670 году — надвратная церковь Михаила Архангела над Святыми воротами и кельи, в 1662—1667 годы возвели стены и башни монастыря. Автором главных монастырских сооружений был каменных дел подмастерье Максим Апсин.
Троицкий собор представлял собой торжественное и грандиозное зрелище. Его украшал резной золоченый иконостас, с потолка свисали громадньге паникадила, ризы икон сверкали золотом, серебром, драгоценными камнями. Стены собора сверху донизу покрывали яркие нарядные фрески. «Впечатление роспись производила поистине ошеломляющее, — пишет М. П. Званцев, один из последних, кто видел росписи Троицкого собора. — Она была величественна, сдержанна по цвету, рисунок и цветовое решение росписи отличались высокими художественными достоинствами». В 1930-е годы драгоценные фрески Троицкого собора были варварски забелены. Как считают специалисты, росписи были выполнены на рубеже XVII— XVIII веков артелью костромских мастеров. Троицкий собор — единственный в Нижегородской области храм с сохранившейся древнерусской живописью.